清康熙至光绪的间，湖北、河南地方多次遭受水旱灾害，灾民陆续南迁。1850年（清道光三十年）前后，宣城、广德、宁国、郎溪等地成为太平军与清兵争夺的战场，居民多避难外逃，这一带便成了十室九空的荒凉地区。在清政府向这些地方移民时，湖北东路花鼓调与河南曲子便随湖北、河南的移民传入皖南，开始在这些地方的农村出现了“打五件”（鼓、大锣、小锣、钹、竹板五件乐器）的说唱形式。由一人或两人合作，沿门自打自唱讨取报酬。所唱曲调以湖北东路花鼓调的[蛮蛮腔]和[四平调]为主，也唱河南的[灯曲子]调。职业性的“打五件”艺人们，大量吸收皖南民间曲调，丰富和发展了唱腔，逐渐成为分男女角、又唱又做的“地摊子”表演形式，这便是皖南花鼓戏从民间歌舞形式发展成戏剧艺术形式的初期阶段。

由于“地摊子”经常演出，节目积累渐多，特别由于演出节目中注重了人物故事的描叙，因此需要大段的便于表达情绪、描写故事的唱腔。于是，表现力较强的、变化较多的腔调便被广泛采用，除“四平调”、“蛮蛮腔”外，还有“北扭子”和“淘腔”等。这些曲调在演唱中得到了丰富提高，逐渐形成了戏剧唱腔曲调中的“主腔”和“花腔”。之后，艺人们又不断地吸收民间艺术和徽剧、京剧等剧种的艺术成分，促进了自己艺术的发展，随之诞生了职业性的“四季班”和“草台班”，给皖南花鼓戏奠定了艺术基础。

“四季班”艺人们为了满足观众需要，积极创造和积累剧目、唱腔和表演艺术。如根据民歌《绣荷包》、《绣花鞋》等编成了戏曲《绣荷包》、《绣蓝衫》等。根据说唱故事编成《方卿见姑》。根据民间故事编成《荞麦记》、《天平山》等剧。还从目连戏、京剧移植改编了《傅罗卜取经》、《小尼姑下山》等剧目。唱腔艺术也由此有了显著的提高，主腔的板式除了“中板”、“慢板”、“快板”外，还发展了“对板”、“连板”、“削板”、“夹数板”、“清板滚唱”等，音乐表现力很强，能表达比较复杂的人物感情和丰富曲折的剧情。

带职业性的“四季班”在农村演出受到农民的热爱和欢迎时，统治阶级对它的迫害便接踵而至，以“花鼓淫戏，败坏风化”的罪名明令禁演。这样，艺人们只能在农民的掩护下到偏僻地区演出，有时不得不与京剧、徽剧合班演出，农民称这些班社为“草台班”。在“草台班”发展过程中，吸收了京剧、徽剧的表演和唱腔艺术，服装和化妆方面也有改进和提高。剧目上出现了本戏，上演剧目由20多个增加到近百个。

1950年起，皖南花鼓戏由濒于灭绝转向复苏，继而一步步走上振兴之路，一批优秀剧目，相继脱颖而出。其中，《老板娘》获得中宣部“五个一工程”提名奖，《送瓜苗》获第11届中国曹禺戏剧奖全国小品小戏大赛一等奖。为进一步拓展皖南花鼓戏生存与发展空间，为了缓解剧团人员青黄不接的问题，宣城市专门为剧团增加了编制。2006年，宣城市邀请有关专家和各界人士，成功举办了首届皖南花鼓戏调研活动。2007年底，宣城市报批的皖南花鼓戏研究基地项目正式获批。