杨士元1945年出生于上海市，1970年本科毕业于北京清华大学电机工程系，1981年研究生毕业于北京清华大学自动化系。自1970年起任教于北京清华大学自动化系，从事电子技术基础的教学和科研。1989年择优提职为副教授，1995年择优提职为教授，1996年批准为博士生导师。1998年获国务院颁发的政府特殊津贴。现为北京清华大学二级教授。